Muchas cepas bacterianas producen una sustancia llamada bacteriocina, que es letal para cepas relacionadas. Las bacteriocinas producida por E. coli se llaman colicinas, las de Pseudomonas aeruginosa, piocinas, etc. Las bacterias no secretan bacteriocinas de un modo contínuo sino que, al igual que los fagos temperados, estas son liberadas de súbito por algunas celulas del cultivo, y, a diferencia de éstos, son incapaces de reproducirse debido a que están constituídas solamente por proteínas. Las células son inmunes a la bacteriocina que producen, del mismo modo que las células lisogénicas lo son al fago temperado; el mecanismo de inmunidad, sin embargo, es diferente. En las células lisogénicas, la inmunidad se debe al bloqueo de la expresión y duplicación del genoma viral, mecanismo que falta a las bacteriocinas puesto que no contienen ácido nucleico. El mecanismo de acción de las diferentes bacteriocinas es distinto y puede causar cambios en la permeabilidad de la bacteria, bloqueo del metabolismo, degradación del ADN, etc. La observación al microscopio electrónico de que ciertas bacteriocinas tienen una estructura casi idéntica a la de algunos bacteriófagos, demuestra su gran similitud a los fagos temperados.
La habilidad de ciertas cepas para producir una bacteriocina y para inmunizarse contra ésta la determina un elemento genético accesorio llamado factor bacteriocinogénico. En E. coli, este
factor (colicinogénico o factor col) consiste en un ADN circular y se duplica en forma autónoma, si bien en sincronía con el cromosoma celular, al igual que el profago P1.
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